しかし現在では、組換えＤＮＡ技術の革命によって、彼らもまた打ち負かされるチャンスが十分にある。 彼らウイルスの遺伝子配列から、免疫学者たちは、免疫応答に対する標的である彼らのたんぱく質（ペプチド）の個々の断片を識別できるのである。

そのため、これらの必須成分は実験室でつくられ、新世代「サブユニットワクチン」として使われている。 これらのサブユニットワクチンは、ウイルス全体、あるいはそれ由来の物質を含まないために、古典的なワクチンよりも純粋かつ安全である。
使用可能になった最初の新世代ワクチンは、Ｂ型肝炎ウイルスに対するものであった。 Ｂ型肝炎ウイルス表面たんぱく質の遺伝子を含むように遺伝子工学的に処理された酵母細胞は、培養基のなかで容易に増殖し、大量の純粋なたんぱく質を産生する。
Ｂ型肝炎ウイルス保有者の血液から精製された初期のワクチンよりずっと安全なことは確かである。 いっそう還元主義的とさえいえるある方法では、たったひとつの短いペプチドが、きわめて重要なＴ細胞応答を刺激するだけで、口蹄病ウイルスの流行から牛を護ることができるのである。
他の最新式のワクチンは、遺伝子交換を基礎にしている。 ここでは、必須たんぱく質のための遺伝子が、無害なキャリアウイルスのなかに組み込まれている。
このようなウイルスは接種されると、細胞に感染し、自身のたんぱく質とともに外来のワクチンたんぱく質を産生して免疫応答を刺激するのである。 予防は治療にまさる世界的規模でのＨＩＶ感染と蔓延を防止するための最良のかつ最も経済的な手段は、ワクチンの生産である。
すでに、ボックスウイルスやへルベスウイルスなどの大型のウイルスは、彼らの増殖と拡散にとって必須な遺伝子が除去されて無害化され、それらの部位にＨＩＶ遺伝子が挿入されている。 現在では、「裸のＤＮＡ」（キャリアウイルスなしの遺伝子）でさえも、筋肉に直接に注入されると有効であることが動物実験において証明されている。
もしこれらの手法が人間にうまくゆくならば、まもなく私たちは、あらゆる種類の微生物に対して私たちを免疫にすることのできるワンショットワクチンをもつことになるかもしれない。 それは、一本のベプチドでもよいし、他の微生物の重要な遺伝子を含むキャリアウイルスでも、あるいはまた単に裸のＤＮＡであってもよいのである。
ロタウイルスのような消化管に感染するウイルスに対しては、局所免疫を誘導することのできる自然感染部位へ直接にワクチンを投与するのが最もよい。

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